bioRxiv: online pomocník odborníků z oblasti biologie

Úvod 

Všeobecné zdroje dat jako jsou ProQuest, EBSCO, Anopress nebo nejznámější vyhledávač Google dokáží spoustě lidem pomoci ať už v hledání konkrétních dat nebo v jejich publikaci. Jsou ale více všeobecně zaměřeny a pro účely konkrétnějšího vyhledávání a publikaci pro konkrétní okruh lidí se hodí více zaměřené informační zdroje/nástroje. Jedním z nich je právě bioRxiv. 

BioRxiv, vyslovovaný jako “bio-archiv” je bezplatný online nástroj pro archivaci a publikaci tzv. preprintů z oblasti biologie, který byl založen v roce 2013 a je spravován organizací Cold Spring Harbor Laboratory, což je nezisková výzkumná a vzdělávací instituce. [1][2] Odborné práce, a to nejen z oblasti biologie, tradičně před oficiální/formální publikací procházejí procesem recenzování práce různými odborníky z oboru, kteří práci posuzují a pomáhají tak identifikovat slabší místa, které se v práci mohou nalézat. Díky opravě na základě těchto recenzí je následně publikovaná práce mnohem kvalitnější. [3] Preprint je tedy článek/dokument, který ještě nebyl nijak recenzován, ale již byl někde publikován (v tomto případě v archivu bioRxiv). Všechny články ale procházejí základní kontrolou na urážlivý nebo nevědecký obsah, je také kontrolováno, zda by mohl představovat zdravotní riziko nebo riziko pro biologickou bezpečnost a je kontrolována možnost plagiátorství. Autoři dále mohou kdykoli před formální publikací článku odeslat revidovanou verzi. Ale po oficiálním zveřejnění článku na bioRxiv lze články citovat, a proto je nelze odstranit. [1] 

Do bioRxiv lze nahrát preprinty článků všech druhů výzkumů v biologických vědách. Autor při nahrání zařadí článek do jedné z následujících kategorií [1]: 

Na následujícím grafu lze vidět zastoupení kategorií v archivu. Nejzastoupenější kategorií je kategorie Neurověda, která s 27 478 příspěvky tvoří 18 % celkových příspěvků. Nejméně početnou kategorií je kategorie Klinických testů s 98 příspěvky, což tvoří 0,06 % celku. 

Co se týče článků z oblasti fyziky, matematiky nebo společenských věd, tak ty by měly být na bioRxiv zveřejňovány pouze v případě, že mají přímý vztah k biologickým vědám. Články v těchto oblastí, které nejsou relevantní, by měly být místo toho zveřejňovány na serverech, jako je například arXiv. [1]

Další kategorizace článků je následující [1]: 

• Nové výsledky (popisující pokrok v oboru) 
• Potvrzující výsledky (do značné míry kopírují a potvrzují dříve publikované práce) 
• Protichůdné výsledky (do značné míry kopírují experimentální přístupy použité v dříve publikovaných pracích, ale výsledky jsou v rozporu) 

Početní zastoupení výše zmíněných kategorií lze vidět na následujícím grafu: 

Čtenáři pak mohou k článkům na bioRxiv přidávat veřejné komentáře. Komentáře jsou moderovány, aby bylo zajištěno, že odpovídají standardům běžného odborného diskurzu. Čtenáři také mohou přímo kontaktovat autory. [1] 

Vyhledávání v archivu 

K vyhledávání v archivu se lze dostat ihned po otevření hlavní stránky. Na hlavní stránce portálu (jak lze vidět na obrázku číslo 3) je pod hlavním názvem portálu vyhledávací pole pro jednoduché a rychlé hledání zadané pojmu. Výchozí nastavení je textové vyhledávání a vyýraz se hledá v názvu, abstraktu a celém textu. Do vyhledávacího pole lze zadat hledané výrazy, které jsou po zadání bez ničeho a za sebou vyhledány jako kdyby byly spojeny logickým operátorem AND (AND nahrazuje mezeru). Jinak lze mezi výrazy pro přesnější hledání již zde využít logické operátory, jako například AND, OR nebo NOT a lze ja zadat velkými nebo i malými písmeny (není nastaveno “case-sensitive”). Je ale potřeba si dávat pozor, že při tomto jednoduchém hledání lze při hledání více výrazů použít pouze jeden logický operátor (při zadání více operátorů vyhledávač ukáže špatné výsledky). Operátor AND lze kromě mezery také nahradit symbole “+”. Pokud jsou kolem vyhledávacího řetězce použity dvojité uvozovky, výsledky vyhledávání budou omezeny na přesný řetězec (např. vyhledávání „Animal Behavior“ vrátí výsledky přesně na tuto frázi). Pod polem pro vyhledávání lze zobrazit všechny články dle jednotlivých kategorií v sekci “Subject Areas” .

Další možností pro vyhledávání je rozšířené vyhledávání (odkaz Advanced Search pod polem Search na hlavní stránce, jak si lze všimnout na obrázku 3). Po otevření rozšířeného vyhledávání se otevře nabídku s různými možnostmi, jak lze vidět na obrázku 4. 

Jako první je nabízena možnost vyhledávání podle hledaných výrazů a klíčových slov. Do tohoto pole lze zadat výrazy i s použitím logický operátorů AND, OR nebo NOT, stejně jako do pole na hlavní stránce. 

Výsledky lze dále filtrovat podle datumu zadání (od – do), lez zvolit v jakém archivu se má hledat (pouze bioRxiv, pouze medRxiv nebo bioRxiv i medRxiv), lze zvolit z jaké oblasti popsané výše má preprint být a také jakého typu (Nový, Protichůdný, Potvrzující). Dále můžeme hledat dle jména autorů. Zde pokud je zahrnut speciální znak (tj. s diakritikou), budou nalezena jména se speciálním znakem i bez něj (např. hledání autora Novák nebo autora Novak vrátí stejný výsledek) a vyhledávání se provádí přes křestní jméno a příjmení. Dále jsou zde tři vyhledávací pole pro hledání podle názvu, podle abstraktu a názvu nebo podle full textu, abstraktu a názvu, u kterých jsou vždy 3 přepínače, kde každý přepínač odpovídá logickému operátoru: Any= OR, All= AND, Phrase= přesná shoda. Další možností vyhledávání je dle DOI, což znamená Digital Object Identifier, což je unikátní mezinárodní identifikátor digitálního objektu v elektronickém prostředí. Číslo zajišťuje ve svém principu jednoznačnou dohledatelnost konkrétního dokumentu na webu. [4] Dále je ještě možné zadat v jakém formátu se má výsledek zobrazit. Lze si zvolit počet zobrazených výsledků na stránku (10 ,25, 50, 75), seřadit výsledku podle nejlepší shody, od nejstarších nebo od nejmladších. Rozšířené vyhledávání je citlivé na speciální znaky pro všechna pole kromě jmen autorů, textové vyhledávání nerozlišuje velká a malá písmena. V závislosti na kontextu jsou následující slova obvykle ignorována ve vyhledávacím řetězci, když je zadaná „fráze“: a, an, and, are, as, at, be, but, by, for, if, in, into, is, it, no, not, of, on, or, such, that, the, their, then, there, these, they, this, to, was, will, with. [5] 

Co se týče již samotných výsledků, po zadání hledaného výrazu se zobrazí nalezené preprinty. Jako první lze vidět kolik preprintů pro daný výraz bylo nalezeno a je také možné nastavit si kolik výsledků bude zobrazeno na stránce a řazení stejně jako v rozšířeném vyhledávání. Dále jsou zobrazeny již samotné výsledky, a to ve formátu název preprintu, autoři, identifikátor archivu, DOI identifikátor a možnost přidat si preprint do citací. 

Po rozkliknutí nějakého preprintu se nám zobrazí detail. Jak lze vidět na obrátku 4, v detailu preprintu je spoustu možností, co s ním lze dělat/jak ho lze prohlížet. Kromě názvu, autorů a DOI identifikátoru lze napravo od názvu pomocí odkazů preprint začít sledovat (po zadání mailu), uložit v PDF nebo například XML, zaslat mailem, sdílet pomocí sociálních sítí nebo upravovat preprint v citačních nástrojích. Pod názvem se nachází část pro hodnocení/diskuzi tohoto příspěvku, kde lze příspěvek různě komentovat a hodnotit. Pod tím se již nacházejí informace k samotnému článku. V pěti záložkách si lze zobrazit abstrakt, plný text práce, informace a historii příspěvku (DOI, datum publikace, informace o autorech), metriky (počet zobrazení, počet tweetů na Twitteru) a náhled PDF. 

Možnosti publikace 

Článek může být publikován na portálu bioRxiv pouze jako koncept nebo v konečné podobě za předpokladu, že se týká relevantního vědního oboru, obsah je v době podání nepublikovaný a všichni jeho autoři s jeho publikací souhlasí. Autoři, kteří chtějí publikovat preprint, se musí nejprve zaregistrovat v portálu. Za registraci nebo publikaci článku se neplatí. Zaregistrovat se je možné na této adrese a vkládat preprinty po přihlášení zde. Nejjednodušší způsob, jak vložit příspěvek na bioRxiv, je nahrát jedno PDF obsahující text a všechny obrázky a tabulky. Doplňkové údaje by měly být vytvořeny v samostatném souboru nebo souborech. Alternativně lze nahrát soubor Word obsahující text (plus případné tabulky) a samostatné soubory obrázků, ze kterých bude vytvořen jeden PDF dokument. Převod provádí automatický převodník PDF, který dokáže zpracovat mnoho formátů obrázků, včetně JPEG, TIFF, EPS nebo PowerPoint. Převodník ale nedokáže převést tyo formáty: PICT, Bitmap, Excel, PSD. Tyto soubory musí převést do PDF nebo do přijatelného formátu souboru autor. Po vložení souborů si autor zvolí, do jaké kategorie příspěvků patří ten jeho (nový, protichůdný, potvrzující). Po vložení (příspěvky se v bioRxiv objevují v pořadí, v jakém byly přijaty) uložené preprinty v bioRxiv lze citovat pomocí jejich digitálního identifikátoru objektu (DOI). Autoři dále mohou kdykoli (před přijetím k publikaci) odeslat upravenou verzi článku kliknutím na „odeslat revizi“ v oblasti pro autory. Nová verze bude používat stejný DOI jako původní příspěvek, který také zůstane přístupný na webu bioRxiv. Případné doplňující údaje musí doprovázet každou verzi dokumentu. Autoři mají možnost vybrat dříve zveřejněné doplňkové soubory a/nebo zahrnout revidované doplňkové soubory s každou revizí článku. [6]

Závěr 

Portál bioRxiv je velice užitečným nástrojem, a to hlavně pro odborníky z oblasti biologie, kteří zkoumají nějaké téma ať už nové nebo provádí potvrzující/protichůdnou studii (a chtějí si zjistit z databáze, jestli momentálně někdo nezkoumá stejné téma/neprovádí stejný výzkum) nebo kteří si chtějí ověřit ještě před “ostrou” publikací například v odborném časopise, zda by jejich práce obstála nebo ji mají ještě upravit. Portál je pro odborníky i velice výhodný, jelikož za jeho funkcionalitu nemusí nic platit. 

Zdroje

1. https://www.biorxiv.org/about-biorxiv 

2. https://phys.org/news/2016-01-biorxiv-preprints-submitted-journals.html 

3. https://www.biorxiv.org/content/what-unrefereed-preprint 

4. https://knihovna.ujep.cz/cs/prideleni-doi 

5. https://www.biorxiv.org/search 

6. https://www.biorxiv.org/submit-a-manuscript 

Seznam obrázků 

Obrázek 1: Graf znázorňující zastoupení kategorií v archivu (zdroj: autor, data https://www.biorxiv.org/search) 

Obrázek 2: Graf znázorňující početní zastoupení kategorií příspěvků (zdroj: autor, data https://www.biorxiv.org/search) 

Obrázek 3: Hlavní stránka portálu (zdroj: https://www.biorxiv.org/) 

Obrázek 4: Rozšířené vyhledávání (zdroj: https://www.biorxiv.org/search) 

Obrázek 5: Výsledky hledání (zdroj: https://www.biorxiv.org/search/covid) 

Obrázek 6: Detail příspěvku (zdroj:https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2022.01.13.476252v1)